作废的发票认证了按以下规定处理：作废发票抵扣凭证审核系统会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关，开票方重新开发票。

国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知：第二十五条 用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符（国家税务总局另有规定的除外）。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。

按照现行增值税发票管理规定，需要同时具有下列情形的，才符合规定的增值税专票作废条件：

1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月。

2、销售方未抄税(所称抄税，是报税前用ic卡或者ic卡和软盘抄取开票数据电文)并且未记账。

3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。