1、破坏食物中的营养成分。转基因食品中的主要营养成分、微量营养素及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。

2、或非正面地改变生态环境。转基因食品在种植、生长过程中，与非转基因作物还是有很多区别的，对土壤和周边的生态环境会造成一定的影响，且这种影响也不一定是正面的。

3、使害虫升级。转基因食品本身就还有灭杀害虫的基因，但是害虫可以依靠淘汰、进化，对这种特征产生更高的抵御性，造成农药也无法灭杀的可能。