区别：
1、学生的管理机构不同，自考是各级自考办公室。
2、证书的颁发机构不同，自考是高等教育自学考试委员会。
3、学制不同，专升本有学制，自考没有学制。
专升本考试是指专科层次学生进入本科层次阶段学习的选拔考试，是中国大陆教育体制大专层次学生升入本科院校的考试制度。
专升本分为两种类型。一类是普通高等教育专升本，考试对象仅限于各省、直辖市、全日制普通高校的专科应届毕业生。另一类是成人高等教育专升本，其拥有四种途径：包括自考专升本、成人高考专升本、网络教育专升本、开放大学专升本。