一是司法的体制造成的障碍。我国宪法和法律规定，检察机关是法律监督机关，负有审判监督的职责。这种监督的方式和程度虽然受到法律的严格制约，而且目前看也有弱化趋势，但毕竟与法院形成一种监督上的上位与下位关系。而且就刑事案件办理，宪法和法律规定公、检、法三机关之间实行互相配合、互相制约，这种平等的配合制约关系，使得以审判至上为前提的司法独立难以有效贯彻。

二是经济保障不足且财政供应体制不顺。法官的待遇低，在司法活动中可能获得的非法利益与其合法收入相比诱惑太大，易于影响其廉洁与公正，也使司法独立受到损害。而且法院经费受政府的制约，它有时难以避免手捧帽子向自己的当事人乞讨的尴尬。

三是法官资质与身份保障不够。虽然近有法官法的颁布以提高法官素质，但总的看，由于法官与一般公务员无明显区别，进入标准不高，资质要求不严，大量法官无论就其业务能力还是就其精神品格都难以做到独立而公正地行使司法权。法院不得不以行政性的院、庭长指导与审委会研究决定等实质上为非程序性的方法来提高司法公正的程度，而这种行政性司法管理方式的运用，使得司法独立即法官独立这一根本性的设定受到破坏。

由于国家制度、政治体制和司法制度等各方面的原因，我国并不存在而且在现有制度框架内也不可能存在一般意义上的司法独立。所说的当前我国的司法独立，只能是一种特殊样式的司法独立。