安徽扬子鳄国家级自然保护区总面积18565公顷，其中核心区面积5188公顷，缓冲区面积2506公顷，实验区面积10871公顷。保护区的范围在东经118°21′18′′—119°27′55′′，北纬30°37′54′′—31°04′12′′之间。保护区由朱村片区、高井庙片区、杨林片区、红星片区、夏渡片区、双坑片区、中桥片区和长乐片区8片区域组成。