西瓜苗期主要病害有立枯病、猝倒病及叶部病害（如炭疽病、蔓枯病和细菌性叶斑病等）。防治立枯病可用瑞苗清喷淋，防治猝倒病可用普力克喷淋，也可提前在覆土拌苗菌敌，防治叶部病害可用阿米妙收（嘧菌酯或苯醚甲环唑）、农用链霉素、阿米西达（嘧菌酯）、世高（苯醚甲环唑）以及琥胶肥酸铜等。