温泉一般换水流程：打开水源、准备池刷和消毒液、刷洗泡池、清洗完毕后控制水温放水。泡池清洗消毒时先刷洗、再消毒、最后冲净，整个过程由池外至池内，由池边缘至池胆。整池清洗消毒完毕后会最后整体冲洗一遍，才开始放水，待泡池水位到达规定要求后即完成换水工作。

温泉在自然流放的过程中会有微生物包括原生动物、藻类、真菌以及细菌的存在，温泉池也可能因为人类活动而导致致病性微生物和有机物的污染。温泉的致病性微生物来源除了粪便之外，也有可能来自于人体的唾液、伤口和黏膜组织。