首先需要将所有的金刚菩提子过手一遍，将阴皮，糠籽全部剔出去，因为这样的籽有些盘不红，而且密度非常差，不适于盘玩。接下来按照瓣数区分，金刚菩提子多数均为五瓣，少量六瓣，另有极少数四瓣、七瓣、八瓣、九瓣甚至多瓣等极品，要仔细观察后区分开来。最后，挑选金刚菩提籽时，需要注意生长的不规则性，并且以菩提最大尺寸为准。

最后，因为金刚菩提籽生长的不规则性，是以菩提最大尺寸为准，正常情况下，尼泊尔大金刚菩提的尺寸是在１８mm－２３mm之间，有极个别的小籽或极个别大籽，均是以此法优先分类，将尺寸相同的籽全部放在一起。

另外，金刚菩提真假辨别：

1、手感

首先从手感上讲，菩提子不见得是特别光滑，如果不是经历过高强度的打磨很少出现平滑的外表。

2、纹理

天然菩提子会有各种不同的外形纹理，表面不管是否经过加工，都会有自然的纹理。要注意每一颗菩提子的纹理都有自己的特点，绝对没有两颗完全一样的。

3、质地

质地坚硬，经过盘念越用越光泽，新珠色淡，使用久了色由浅变深。菩提子遇火焦化甚至燃烧，并发出植物燃烧的气味，如出现了化学味道则是仿品。在使用过程中遇水泡、遭干热、迎大风都会发生不同程度的损坏，无反应，则有可能是合成材料加工的。