南京的石头城称号始于三国时期，在三国时期孙权在南京石头山修建了石头城，用它作为保护东吴京师建业的资本；预备军事石材，石材基地多建造了烽火台，用来立即发出报警信号，因地理位置十分接近，所以称南京为石头城。

南京属宁镇扬丘陵地区，以低山缓岗为主，低山占土地总面积的3.5%，丘陵占4.3%，岗地占53%，平原、洼地及河流湖泊占39.2%。宁镇山脉和江北的老山横亘市域中部，南部有秦淮流域丘陵岗地南界的横山、东庐山。南京平面位置南北长、东西窄，成正南北向；南北直线距离150千米，中部东西宽50至70千米，南北两端东西宽约30千米。