南京博物院镇馆之宝分别在历史馆、艺术馆等，南博藏品一部分接收自中央博物院筹备处，另一部分来自中华人民共和国建国后的考古发掘、征集、收购、捐赠、接收及交换。藏品的年代从旧石器时代直至当代，种类有石器、陶器、玉器、青铜器、瓷器、书画、织绣、竹木牙雕、民俗和当代艺术品等。

南京博物院拥有各类藏品42万余件（套），馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代；既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。