那曲索县属高原亚寒带季风气候，空气稀薄，雨雪较多，气温低，日照充足，日温差较大，冬春多大风。那曲索县位于藏北高原与藏东高山峡谷的结合部，地处怒江上游的索曲河流域，为那曲市“东三县”之一。隶属于西藏那曲市，东部与昌都市丁青县接壤，西南面与比如县及昌都市边坝县毗邻，北部与巴青县交界。