一、行政级别不同：自治区是中国行政区划之一，行政区划级别与省、直辖市、特别行政区相同，是我国的省级行政区；而自治州也是我国行政区划之一，行政区划级别与地级市、地区、盟相同，属地级行政区，由省、自治区管辖。

二、数量不同：我国现有内蒙古自治区、广西壮族自治区、西藏自治区、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区五个自治区；而我国共计有30个自治州。

三、立法审批机关不同：自治区的自治条例和单行条例，报全国人民代表大会常务委员会批准后生效；而自治州的自治条例和单行条例，报省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会批准后生效。