毕业证书当然是有区别的了，一个是全日制本科，一个是自考本科，证书上都会有标明，但待遇二者是没有什么大的区别，主要还是看个人和每个单位的看法，在国家政策下是视二者同等地位。

高等教育自学考试是对自学者进行的以学历考试为主的高等教育国家考试，是个人自学、社会助学、国家考试相结合的高等教育形式，是我国高等教育体系的重要组成部分。