培养方向不同。二者的差别主要集中在培养目标上。学术型研究生接收普通硕士教育以培养教学和科研人才为主的研究生教育，授予学位的类型是学术型硕士学位，学术型学位按招生学科门类较为复杂，具体视专业方向而定。学硕的培养方向一般是教学、科研人才。
培养模式不同。学硕学习时间是3年制，专硕一般是2年制，但具体的还要看各个学校了。专硕与学硕处于同一层次，培养规格各有侧重，在培养目标上有明显差异。
课程设置不同。在校的主干课程基本上是完全一样，生活、学习与导师培养方式等等都没太大区别。在校期间有五点区别的是：三助申请的岗位有区别，专硕的比较少；学术型的每个人都有奖学金，而专硕只有部分人有，另一部分要自己出全部学费，但具体情况院校不同也有设置差别；专硕研二要外出实习半年，这是必修的课程，学校往往还会为学生安排实习老师；专硕既可以做学术型的论文，也可以做应用型的，学硕则多做理论选题。
读博要求不同。学硕可以直博，拿学士学位；专硕没有直博机会，是需要考博，拿专业学位。
考试难度不同。一般学硕的考试难度比专硕的难度要大，就拿公共课来说，通常学硕考数一、英一的，专硕一般会考数二英二的，相对来说难度低一点。