真菌，是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。包含霉菌、酵母、蕈菌以及其他人类所熟知的菌菇类。目前已经发现了十二万多种真菌。真菌独立于动物、植物和其他真核生物，自成一界。真菌的细胞有含甲壳素, 能通过无性繁殖和有性繁殖的方式产生孢子。

真菌的起源、演化和系统发育的研究，最初是根据比较形态学和细胞学的资料。20世纪80年代后，随着科学技术的发展和新技术的广泛应用，例如G-C含量、胞壁的多糖组分和结构的研究、各类真菌色氨酸生物合成途径的酶沉降图型、赖氨酸的两种不同合成途径以及rRNA序列的研究等，都推动了真菌起源和演化的研究。