羊肚菌按不同长度进行剪柄后，排放于烘筛上，将烘筛推入烘干机烘箱内，紧闭箱门开始点火起烘。脱水初期温度不能低于30℃，最好是32℃起烘。在40℃～50℃的范围内烘6小时。停火1小时后，再在45℃～50℃热风温度条件下，脱水6小时。停火2小时，进行检羊肚菌。最后在50℃～60℃下脱水直到烘干为止。
在烘制时不宜升温太快，每小时升温不能超过3℃～5℃。骤然升温会引起羊肚菌体急剧收缩，造成羊肚菌盖向外倒卷并变黑，严重影响羊肚菌干品质。在烘制过程中，检羊肚菌也是不可忽视的环节。因为羊肚菌肉厚薄不一，其含水量差别很大，对烤制时间要求自然不一。所以在第二次停火后，就必须逐筛进行检查，发现已烘干的应先捡起放入塑料袋内，未干的推入箱内继续再烘。这样可防止部分羊肚菌因烤制过度而变焦，影响干羊肚菌的品质。