有的燕窝颜色本身就是微微发黄的,这与燕窝的产地和采摘时间有关。爪哇地区出产的较黄，而苏门答腊的较白，但这也不是绝对的，时间、气候、季节、环境都会影响燕窝的颜色。即便是同一燕屋内，不同方向，不同位置，不同楼层，颜色都会不一样。雨季燕窝要比旱季燕窝的颜色更加洁白。

除了原料本身的颜色，在存放过程过一些不当的方式会导致燕窝发黄：

1、阳光暴晒

干燕窝如果长时间放在阳光或灯光下，受到阳光中的紫外线照射，使导致燕窝从原来的颜色，渐渐变成深米黄色或黄色

2、放置时间太久

燕窝中的主要成分是蛋白质，干燕窝放置的时间过长，蛋白质就会与空气中的氧气发生氧化反应 ，导致燕窝的颜色变黄，随着时间增长氧化程度越深，所以颜色越深。

3、燕窝受潮

有些干燕窝因为保存不当受潮了，或者燕窝的额湿度较大的时候，没有及时风干水分就会使燕窝变质发黄。

发黄的干燕窝能不能吃主要还是看变黄的原因，如果是因为阳光照射或因氧化的原因使燕窝颜色发生变化，但是没有不良气味，燕窝摸着也很干爽，这样的燕窝是可以正常食用的。但是燕窝改变发黄后，燕窝中的硝酸盐的含量会比正常的燕窝偏高，所以泡发燕窝的时间可以稍微长一点 ，中途多换几次水，能够将亚硝酸盐会去得彻底一些。如果燕窝闻着有霉味，手感潮湿，颜色发生改变很有可能使燕窝发霉了，如果出现很多的霉斑以及更严重的情况下，这种燕窝就绝不能吃了。