亚甲蓝和新亚甲蓝化学结构不一样，是两种不同的物质。新亚甲蓝主要用于网织红细胞（不成熟红细胞）染色，有毒。亚甲蓝虽然也可以对网织红细胞染色（RNA），但更是一种药物，能治疗高铁血红蛋白血症。