咖啡灌肠潜在风险轻者为影响钙质吸收与脂溶性维生素的吸收。由于咖啡并非通常医院所用无菌水，咖啡灌肠极易导致细菌感染，引起结肠炎甚至败血症。咖啡灌肠时很难控制咖啡溶液渗透压与体液一致，极易导致电解质失衡，从而引发头晕、休克、脑囊肿，甚至死亡。

同时咖啡灌入速度过快带来肠道穿孔风险，咖啡过热导致黏膜灼伤。

咖啡灌肠好处：

1.咖啡因促进谷胱甘肽酶的分泌，后者为肝脏解毒和消除自由基最重要的酵素。

2.咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。

3.咖啡灌肠所注入的咖啡，清洁了肛门附近左侧的大肠，此处为大肠最容易藏污纳垢、宿便最多及恶菌繁殖力最强的地方。

4.口服的咖啡会刺激胃壁，其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。

5.咖啡灌肠处理了肝脏每日所排出的毒素，对维护肝脏的健康有很大的助益，此解释了咖啡灌肠对癌症病患的意义。

6.新谷弘实追踪了1000例以上每日作咖啡灌肠的对象，发现他们的肠相都非常的干净健康。其本人也是咖啡灌肠的实践者。

7.大肠专家新谷弘实并不赞同使用高压式的机器灌肠，认为此法让有大肠憩室的病患症状恶化，并可能会伤害肠壁。