企业收到的与研发相关的政府补助应当属于与企业日常经营活相关的政府补助，确认损益时应当计入其他收益或冲减相关成本费用。企业取得的政府补助，会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。所以企业在收到研发相关的政府补助时，最好是按总额法进行会计处理，在确认补助收入时计入“其他收益”，而不是直接冲减研发支出。如果是已经按净额法进行账务处理了，在纳税申报时要进行纳税调增，将收到的政府补助调增应纳税所得额，同时调增税务上认可的研发支出的金额，在计算加计扣除的金额时，将调增的部分作为基数参与计算。