硝化细菌可以直接放水里，硝化细菌生活在有氧的水中或砂层中，只有同时满足了水分与氧气的供应，它们才能存活。硝化细菌最适宜在弱碱性的水中生活，在温度达到25度左右时生长繁殖最快。它的繁殖不遵循分离定律和自由组合定律。在氮循环水质净化过程中扮演着很重要的角色。生存于氧气中的硝化细菌，能把氨会转变为亚硝酸盐（NO2）；亚硝酸盐虽然含较少的毒素，但仍对鱼类有致命的毒害。