进行发酵液预处理是因为要“净化”，即将发酵后的残留原料（培养基）、发酵用微生物残留菌丝体等固体杂质与母液分离，从而使发酵母液得以净化，以利于后续加工。发酵结束后的母液净化工艺是基本相同的，都要经过发酵混合料液的絮凝、压滤、精滤（膜处理），将发酵母液中的固体成分与母液分离开来，以利于后续产品深加工。

发酵液预处理的特点：

1、菌体分离

通常发酵液中含有3%-5%的湿菌体，带菌提取往往会影响提取效率或产品质量。如用离子交换法从发酵液中提取异亮氨酸，发酵液带菌上柱容易引起离子交换柱堵塞。

2、固体悬浮物的去除

发酵液中的固体悬浮物主要是从原料中带入的杂质，如纤维、凝固蛋白等，通过过滤可有效去除。

3、杂蛋白质的去除

发酵液去除菌体细胞及固体悬浮物后，一些可溶性杂蛋白质仍残留在滤液中。可溶性蛋白质在溶剂提取中会促进乳化，导致液液分离困难，离子交换时蛋白质影响树脂的交换容量。

4、重金属离子的去除

重金属离子不仅影响提取和精制操作，而且直接影响产品质量和提取收率。

5、色素、有毒物质等杂质的去除

色素影响产品的外观。对于药用的发酵产物，如抗生素、ATP、核酸等，热原等有毒物质影响产品的安全性。